Головною причиною циститу є бактерії, що проникли в сечову систему і викликали запальний процес. У 90% випадках хворіють жінки: Жіночий сечовивідний канал більш широкий і короткий, ніж чоловічий, і через це бактерії проникають у сечовий міхур вільно.
Небезпека полягає в тому, що рецидиви можуть повторюватися досить часто і призвести до серйозних наслідків, як: пієлонефрит, інфекції нирок, утворення каменів, нетримання та неутримання сечі різної форми (розвиток гіперактивного сечового міхура – ГАМП), сфінктерна дисінергія.
Рецидивуючий цистит може виникнути при недостатньому лікуванні попереднього епізоду хвороби, при недотриманні особистої гігієни, переохолодженні, зниженні захисних функцій організму, різних аутоімунних захворюваннях.