Загалом, МРТ краще розрізняє м’які тканини. Кістки при цьому не можуть бути видні – резонанс від кальцію відсутній і кісткову тканину на МР-томограмах видно лише опосередковано.
Томограф чітко показує вигляд спинного і головного мозку, внутрішніх органів (за винятком порожнистих), суглобів, органів малого таза. Використовуючи його, можна діагностувати спинномозкові грижі, пухлини, порушення будови і патологічні процеси у внутрішніх органах.
На жаль, не всі пухлини можуть виявлятися методом магнітно-резонансної томографії без контрастного посилення. Це буває в тих випадках, коли інтенсивність МР-сигналу від пухлини дорівнює інтенсивності МР-сигналу від тканин, що її оточують.
Відмінність МРТ від КТ Комп’ютерна томографія (КТ) найкраще сприймає кісткові структури. Тому КТ добре використовувати для визначення кісткових травм і різних пошкоджень. На МРТ добре видно м’які тканини: м’язи, судини, хрящі, спинний і головний мозок.