На території республіки враховано 324 великих та малих річок, що належать басейнам рік Єнісей та Об. Крім того, малі річки відіграють значну роль у формуванні експлуатаційних запасів підземних вод у степовій частині Республіки, а також велику роль у сільськогосподарському комплексі.
Найбільші річки Хакасії – Єнісей, Абакан, Чулим та Том. У республіці понад 500 озер, рік та дрібних річечок. Загальна протяжність рік – 8 тис. км.
Природні ресурси Хакасія – один із найстаріших гірничорудних районів Сибіру. На її території ведеться видобуток заліза, молібдену, золота, вугілля, мінеральних та радонових вод, неметалічних корисних копалин: бариту, бентоніту, облицювального мармуру та гранітів, будівельних матеріалів.
На території Республіки Хакасія налічується близько 1000 різноманітних за розмірами, ступенем проточності та солоності озер. Основну їх масу становлять карові та морені, приурочені до гірських областей Західного Саяна та Кузнецького Алатау. Ці озера прісні та ультрапресні, порівняно невеликі за розмірами.