Залежно від етіології захворювання ванкоміцин можна, можливо приймати внутрішньо. Для дорослих добова доза становить 0.5-2 г на 3-4 прийоми, для дітей – 40 мг/кг на 3-4 прийоми. Максимальна добова доза для дорослих при внутрішньовенному введенні становить 3-4 г.
Для лікування псевдомембранозного коліту, викликаного Clostridium difficile внаслідок застосування антибіотиків, а також для лікування стафілококового ентероколіту препарат Ванкоміцин призначають всередину. Рекомендована доза 0,5 г розлучається на 30 мл води.
Вводять внутрішньовенно крапельно. Дорослим – по 500 мг кожні 6 годин або по 1 г кожні 12 годин. Щоб уникнути колаптоїдних реакцій, тривалість інфузії повинна становити не менше 60 хв. Дітям – 40 мг/кг/добу, кожну дозу слід вводити щонайменше 60 хв.