Процедура промивання триває 15-30 хвилин. До процедури та після неї слід утриматися від їди протягом 2-х годин до і після процедури. Курс лікування визначається лікарем індивідуально для кожного пацієнта, частіше 3-7 процедур у режимі 1-3 процедури на тиждень.
З профілактичною метою лікування рекомендовано проходити один раз на рік, а за наявності показань – один раз на півріччя. Як правило, призначається курс гідроколонотерапії із п'яти-семи процедур. Вони проводяться з інтервалом один-два дні, а кожен сеанс триває від 40 до 60 хвилин.
Стандартний курс – дві процедури, комусь ми призначаємо одну. Не частіше ніж раз в рік.
Для промивання кишечника використовують маломінералізовані мінеральні води температурою 38°С. На курс лікування зазвичай призначають з інтервалом між промиваннями за 1-2 дні 3-4 процедури.