Найчастіше прогноз реактивного артриту сприятливий, повне одужання протягом 6-12 місяців спостерігається у 80% пацієнтів. Лише у невеликого відсотка пацієнтів симптоми можуть повернутися або стан може мати хронічний характер.
Реактивний артрит часто дозволяється мимовільно протягом 3-4 місяців, але більш ніж у 50% пацієнтів симптоми рецидивують або тривають довгі роки. Хронічне рецидивуючий перебіг може призводити до хронічного запалення суглобів, хребта або крижово-клубових суглобів.
Для лікування реактивного артриту використовуються два класи антибіотиків: тетрацикліни та фторхінолони. В окремих випадках можуть використовуватись макроліди. Іноді поставити правильний діагноз можна лише за відповіддю на лікування.