Відторгнення трансплантованих тканин відбувається внаслідок того, що імунна система реципієнта розпізнає чужорідні тканинні антигени гістосумісності на клітинах трансплантата та реагує на них.
Навіть якщо типи тканини близько збігаються, пересаджені органи, На відміну від перелитої крові, часто відкидаються, якщо не будуть вжиті заходи для запобігання їх неприйняттю організмом. Відторгнення виникає внаслідок атаки імунної системи реципієнта на пересаджений орган.
Найоптимальнішим способом запобігання відторгненню трансплантата є індукція трансплантат-специфічної толерантності реципієнта На жаль, до сьогодні така специфічна толерантність вивчається і застосовується лише в експериментальних дослідженнях.