Стандартна процедура виконується лікарем ендоскопістом через рот із застосуванням спеціального обладнання. Ендоскоп є гнучкою порожнистою трубкою, діаметром не більше 10 мм.
Колоноскопія виконується за допомогою спеціального ендоскопу – колоноскопа. Це спеціальний апарат з довжиною частини, що вводиться до 180 смтовщиною від 1,0 см до 1,5 см (Залежно від призначення).
Щоб легше перенести ФГДС, Останній прийом їжі повинен бути за 12 годин до проведення процедури. Воду можна пити за 2:00. За дотримання цих правил, навіть якщо виникне блювотний рефлекс при введенні зонда, вийдуть лише слини.
При неможливості проведення ендоскопічної діагностики необхідно провести капсульну ФГДС або менш інформативні діагностики у комплексі, наприклад: лабораторна діагностика + УЗД, лабораторна діагностика + МРТ тощо.