Ситуація ускладнювалася тим, що багато хто готовий був прийняти на віру слова лжеспадкоємця престолу. Градус народного невдоволення підвищувався, і Годунів не міг почуватися на троні впевнено. Ці обставини породили чутки про те, що цар зневірився і наклав на себе руки, уникнувши тим самим болісної насильницької смерті.
Офіційно причиною смерті Годунова було названо апоплексичний удар (інсульт). Вік царя на той час був солідним.
Після арешту патріарха Іова на обійсті Годунових з'явився зі стрільцями Василь Голіцин і наказав вбити Федора; при цьому з ним були князь Мосальський, дяки Молчанов та Шерефедінов.