Наоко загинула, коли скинулася з вершини центральної догми на систему Magi.
На відміну від аніме, де цей момент залишається загадкою, Гендо вимовляє "Я любив тебе", після чого стріляє в Ріцуко.
Як і в The End of Evangelionвін стріляє в Ріцуко, коли вона намагається знищити штаб Nerv, щоб його зупинити. Але на превеликий подив Гендо, Рей відкидає його і знищує Адама, зливаючись з Ліліт, навіть не поглинувши його. Після того, як Рей/Ліліт сходить з догми, Ріцуко, що вмирає, прострілює шию Гендо.